Справка Выбор места расположения музея не случайно пал на Крест-канал. Историческая преемственность места обустройства музейного комплекса вполне очевидна: канал с доками является уникальным инженерным сооружением, одним из первых в российской истории. Определенно важным следует считать тот факт, что Крест-канал сохранился до наших дней практически без изменений, с топологией и структурой, созданной более двух с половиной столетий назад. В связи с этим, следует считать весьма подходящим обустройство музейного комплекса на столь уникальном историческом месте.

Более того, представляется необходимым сделать комплекс выходящим за рамки академической роли музея, как пассивного хранилища, сделать его открытым и как учебно-образовательное учреждение, которое было бы интересно жителям Кронштадта, гостям города и в первую очередь юным кронштадцам, как живая познавательная краеведческая площадка.

Музейный комплекс представляет собой надземную часть — повторяющую форму канала и доков пространственную структуру центрального купола и рукавов (каналов) ответвлений. Скрытая двухэтажная часть размещается непосредственно в доковых заглублениях практически по всей протяженности структуры Крест-канала.

Площадь пятна застройки сооружения музея составляет – 7 450 м2. Так же в данном сооружении предусмотрены зоны для семейного досуга.